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新增试剂reagent
This commit is contained in:
Xuwznln
233
.cursor/skills/batch-insert-reagent/SKILL.md
Normal file
233
.cursor/skills/batch-insert-reagent/SKILL.md
Normal file
@@ -0,0 +1,233 @@
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name: batch-insert-reagent
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||||
description: Batch insert reagents into Uni-Lab platform — add chemicals with CAS, SMILES, supplier info. Use when the user wants to add reagents, insert chemicals, batch register reagents, or mentions 录入试剂/添加试剂/试剂入库/reagent.
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# 批量录入试剂 Skill
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通过云端 API 批量录入试剂信息，支持逐条或批量操作。
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## 前置条件（缺一不可）
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使用本 skill 前，**必须**先确认以下信息。如果缺少任何一项，**立即向用户询问并终止**，等补齐后再继续。
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### 1. ak / sk → AUTH
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询问用户的启动参数，从 `--ak` `--sk` 或 config.py 中获取。
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生成 AUTH token（任选一种方式）：
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```bash
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# 方式一：Python 一行生成
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python -c "import base64,sys; print('Authorization: Lab ' + base64.b64encode(f'{sys.argv[1]}:{sys.argv[2]}'.encode()).decode())" <ak> <sk>
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# 方式二：手动计算
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# base64(ak:sk) → Authorization: Lab <token>
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```
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### 2. --addr → BASE URL
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| `--addr` 值 | BASE |
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|-------------|------|
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| `test` | `https://uni-lab.test.bohrium.com` |
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| `uat` | `https://uni-lab.uat.bohrium.com` |
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| `local` | `http://127.0.0.1:48197` |
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| 不传（默认） | `https://uni-lab.bohrium.com` |
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确认后设置：
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```bash
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BASE="<根据 addr 确定的 URL>"
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AUTH="Authorization: Lab <gen_auth.py 输出的 token>"
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```
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**两项全部就绪后才可发起 API 请求。**
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## Session State
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- `lab_uuid` — 实验室 UUID（首次通过 API #1 自动获取，**不需要问用户**）
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## 请求约定
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所有请求使用 `curl -s`，POST 需加 `Content-Type: application/json`。
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> **Windows 平台**必须使用 `curl.exe`（而非 PowerShell 的 `curl` 别名），示例中的 `curl` 均指 `curl.exe`。
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## API Endpoints
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### 1. 获取实验室信息（自动获取 lab_uuid）
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```bash
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curl -s -X GET "$BASE/api/v1/edge/lab/info" -H "$AUTH"
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```
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返回：
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```json
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{"code": 0, "data": {"uuid": "xxx", "name": "实验室名称"}}
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```
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记住 `data.uuid` 为 `lab_uuid`。
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### 2. 录入试剂
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```bash
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curl -s -X POST "$BASE/api/v1/lab/reagent" \
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||||
-H "$AUTH" -H "Content-Type: application/json" \
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-d '{
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||||
"lab_uuid": "<lab_uuid>",
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||||
"cas": "<CAS号>",
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||||
"name": "<试剂名称>",
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||||
"molecular_formula": "<分子式>",
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||||
"smiles": "<SMILES>",
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||||
"stock_in_quantity": <入库数量>,
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||||
"unit": "<单位字符串>",
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||||
"supplier": "<供应商>",
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||||
"production_date": "<生产日期 ISO 8601>",
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||||
"expiry_date": "<过期日期 ISO 8601>"
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||||
}'
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||||
```
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返回成功时包含试剂 UUID：
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```json
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{"code": 0, "data": {"uuid": "xxx", ...}}
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```
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## 试剂字段说明
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| 字段 | 类型 | 必填 | 说明 | 示例 |
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|------|------|------|------|------|
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| `lab_uuid` | string | 是 | 实验室 UUID（从 API #1 获取） | `"8511c672-..."` |
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| `cas` | string | 是 | CAS 注册号 | `"7732-18-3"` |
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| `name` | string | 是 | 试剂中文/英文名称 | `"水"` |
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||||
| `molecular_formula` | string | 是 | 分子式 | `"H2O"` |
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| `smiles` | string | 是 | SMILES 表示 | `"O"` |
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| `stock_in_quantity` | number | 是 | 入库数量 | `10` |
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| `unit` | string | 是 | 单位（字符串，见下表） | `"mL"` |
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| `supplier` | string | 否 | 供应商名称 | `"国药集团"` |
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| `production_date` | string | 否 | 生产日期（ISO 8601） | `"2025-11-18T00:00:00Z"` |
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||||
| `expiry_date` | string | 否 | 过期日期（ISO 8601） | `"2026-11-18T00:00:00Z"` |
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### unit 单位值
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| 值 | 单位 |
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|------|------|
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| `"mL"` | 毫升 |
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| `"L"` | 升 |
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| `"g"` | 克 |
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| `"kg"` | 千克 |
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| `"瓶"` | 瓶 |
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> 根据试剂状态选择：液体用 `"mL"` / `"L"`，固体用 `"g"` / `"kg"`。
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## 批量录入策略
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### 方式一：用户提供 JSON 数组
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用户一次性给出多条试剂数据：
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```json
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[
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{"cas": "7732-18-3", "name": "水", "molecular_formula": "H2O", "smiles": "O", "stock_in_quantity": 10, "unit": "mL"},
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||||
{"cas": "64-17-5", "name": "乙醇", "molecular_formula": "C2H6O", "smiles": "CCO", "stock_in_quantity": 5, "unit": "L"}
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]
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```
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||||
Agent 自动为每条补充 `lab_uuid`、`production_date`、`expiry_date` 等字段后逐条提交。
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Agent 循环调用 API #2 逐条录入，每条记录一次 API 调用。
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### 方式二：用户逐个描述
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用户口头描述试剂（如「帮我录入 500mL 的无水乙醇，Sigma 的」），agent 自行补全字段：
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1. 根据名称查找 CAS 号、分子式、SMILES（参考下方速查表或自行推断）
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2. 构建完整的请求体
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3. 向用户确认后提交
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### 方式三：从 CSV/表格批量导入
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用户提供 CSV 或表格文件路径，agent 读取并解析：
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```bash
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# 期望的 CSV 格式（首行为表头）
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cas,name,molecular_formula,smiles,stock_in_quantity,unit,supplier,production_date,expiry_date
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||||
7732-18-3,水,H2O,O,10,mL,农夫山泉,2025-11-18T00:00:00Z,2026-11-18T00:00:00Z
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```
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### 执行与汇报
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每次 API 调用后：
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1. 检查返回 `code`（0 = 成功）
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2. 记录成功/失败数量
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3. 全部完成后汇总：「共录入 N 条试剂，成功 X 条，失败 Y 条」
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4. 如有失败，列出失败的试剂名称和错误信息
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## 常见试剂速查表
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| 名称 | CAS | 分子式 | SMILES |
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|------|-----|--------|--------|
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| 水 | 7732-18-3 | H2O | O |
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| 乙醇 | 64-17-5 | C2H6O | CCO |
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| 甲醇 | 67-56-1 | CH4O | CO |
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||||
| 丙酮 | 67-64-1 | C3H6O | CC(C)=O |
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||||
| 二甲基亚砜(DMSO) | 67-68-5 | C2H6OS | CS(C)=O |
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||||
| 乙酸乙酯 | 141-78-6 | C4H8O2 | CCOC(C)=O |
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||||
| 二氯甲烷 | 75-09-2 | CH2Cl2 | ClCCl |
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||||
| 四氢呋喃(THF) | 109-99-9 | C4H8O | C1CCOC1 |
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||||
| N,N-二甲基甲酰胺(DMF) | 68-12-2 | C3H7NO | CN(C)C=O |
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||||
| 氯仿 | 67-66-3 | CHCl3 | ClC(Cl)Cl |
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||||
| 乙腈 | 75-05-8 | C2H3N | CC#N |
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||||
| 甲苯 | 108-88-3 | C7H8 | Cc1ccccc1 |
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||||
| 正己烷 | 110-54-3 | C6H14 | CCCCCC |
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||||
| 异丙醇 | 67-63-0 | C3H8O | CC(C)O |
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||||
| 盐酸 | 7647-01-0 | HCl | Cl |
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| 硫酸 | 7664-93-9 | H2SO4 | OS(O)(=O)=O |
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||||
| 氢氧化钠 | 1310-73-2 | NaOH | [Na]O |
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||||
| 碳酸钠 | 497-19-8 | Na2CO3 | [Na]OC([O-])=O.[Na+] |
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||||
| 氯化钠 | 7647-14-5 | NaCl | [Na]Cl |
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||||
| 乙二胺四乙酸(EDTA) | 60-00-4 | C10H16N2O8 | OC(=O)CN(CCN(CC(O)=O)CC(O)=O)CC(O)=O |
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||||
> 此表仅供快速参考。对于不在表中的试剂，agent 应根据化学知识推断或提示用户补充。
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## 完整工作流 Checklist
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```
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Task Progress:
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- [ ] Step 1: 确认 ak/sk → 生成 AUTH token
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- [ ] Step 2: 确认 --addr → 设置 BASE URL
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- [ ] Step 3: GET /edge/lab/info → 获取 lab_uuid
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- [ ] Step 4: 收集试剂信息（用户提供列表/逐个描述/CSV文件）
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- [ ] Step 5: 补全缺失字段（CAS、分子式、SMILES 等）
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- [ ] Step 6: 向用户确认待录入的试剂列表
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||||
- [ ] Step 7: 循环调用 POST /lab/reagent 逐条录入（每条需含 lab_uuid）
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||||
- [ ] Step 8: 汇总结果（成功/失败数量及详情）
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```
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## 完整示例
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用户说：「帮我录入 3 种试剂：500mL 无水乙醇、1kg 氯化钠、2L 去离子水」
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Agent 构建的请求序列：
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```json
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// 第 1 条
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{"lab_uuid": "8511c672-...", "cas": "64-17-5", "name": "无水乙醇", "molecular_formula": "C2H6O", "smiles": "CCO", "stock_in_quantity": 500, "unit": "mL", "supplier": "国药集团", "production_date": "2025-01-01T00:00:00Z", "expiry_date": "2026-01-01T00:00:00Z"}
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||||
// 第 2 条
|
||||
{"lab_uuid": "8511c672-...", "cas": "7647-14-5", "name": "氯化钠", "molecular_formula": "NaCl", "smiles": "[Na]Cl", "stock_in_quantity": 1, "unit": "kg", "supplier": "", "production_date": "2025-01-01T00:00:00Z", "expiry_date": "2026-01-01T00:00:00Z"}
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||||
// 第 3 条
|
||||
{"lab_uuid": "8511c672-...", "cas": "7732-18-3", "name": "去离子水", "molecular_formula": "H2O", "smiles": "O", "stock_in_quantity": 2, "unit": "L", "supplier": "", "production_date": "2025-01-01T00:00:00Z", "expiry_date": "2026-01-01T00:00:00Z"}
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