diff --git a/.cursor/skills/batch-insert-reagent/SKILL.md b/.cursor/skills/batch-insert-reagent/SKILL.md new file mode 100644 index 00000000..cd946cc3 --- /dev/null +++ b/.cursor/skills/batch-insert-reagent/SKILL.md @@ -0,0 +1,233 @@ +--- +name: batch-insert-reagent +description: Batch insert reagents into Uni-Lab platform — add chemicals with CAS, SMILES, supplier info. Use when the user wants to add reagents, insert chemicals, batch register reagents, or mentions 录入试剂/添加试剂/试剂入库/reagent. +--- + +# 批量录入试剂 Skill + +通过云端 API 批量录入试剂信息，支持逐条或批量操作。 + +## 前置条件（缺一不可） + +使用本 skill 前，**必须**先确认以下信息。如果缺少任何一项，**立即向用户询问并终止**，等补齐后再继续。 + +### 1. ak / sk → AUTH + +询问用户的启动参数，从 `--ak` `--sk` 或 config.py 中获取。 + +生成 AUTH token（任选一种方式）： + +```bash +# 方式一：Python 一行生成 +python -c "import base64,sys; print('Authorization: Lab ' + base64.b64encode(f'{sys.argv[1]}:{sys.argv[2]}'.encode()).decode())" + +# 方式二：手动计算 +# base64(ak:sk) → Authorization: Lab +``` + +### 2. --addr → BASE URL + +| `--addr` 值 | BASE | +|-------------|------| +| `test` | `https://uni-lab.test.bohrium.com` | +| `uat` | `https://uni-lab.uat.bohrium.com` | +| `local` | `http://127.0.0.1:48197` | +| 不传（默认） | `https://uni-lab.bohrium.com` | + +确认后设置： +```bash +BASE="<根据 addr 确定的 URL>" +AUTH="Authorization: Lab " +``` + +**两项全部就绪后才可发起 API 请求。** + +## Session State + +- `lab_uuid` — 实验室 UUID（首次通过 API #1 自动获取，**不需要问用户**） + +## 请求约定 + +所有请求使用 `curl -s`，POST 需加 `Content-Type: application/json`。 + +> **Windows 平台**必须使用 `curl.exe`（而非 PowerShell 的 `curl` 别名），示例中的 `curl` 均指 `curl.exe`。 + +--- + +## API Endpoints + +### 1. 获取实验室信息（自动获取 lab_uuid） + +```bash +curl -s -X GET "$BASE/api/v1/edge/lab/info" -H "$AUTH" +``` + +返回： + +```json +{"code": 0, "data": {"uuid": "xxx", "name": "实验室名称"}} +``` + +记住 `data.uuid` 为 `lab_uuid`。 + +### 2. 录入试剂 + +```bash +curl -s -X POST "$BASE/api/v1/lab/reagent" \ + -H "$AUTH" -H "Content-Type: application/json" \ + -d '{ + "lab_uuid": "", + "cas": "", + "name": "<试剂名称>", + "molecular_formula": "<分子式>", + "smiles": "", + "stock_in_quantity": <入库数量>, + "unit": "<单位字符串>", + "supplier": "<供应商>", + "production_date": "<生产日期 ISO 8601>", + "expiry_date": "<过期日期 ISO 8601>" + }' +``` + +返回成功时包含试剂 UUID： +```json +{"code": 0, "data": {"uuid": "xxx", ...}} +``` + +--- + +## 试剂字段说明 + +| 字段 | 类型 | 必填 | 说明 | 示例 | +|------|------|------|------|------| +| `lab_uuid` | string | 是 | 实验室 UUID（从 API #1 获取） | `"8511c672-..."` | +| `cas` | string | 是 | CAS 注册号 | `"7732-18-3"` | +| `name` | string | 是 | 试剂中文/英文名称 | `"水"` | +| `molecular_formula` | string | 是 | 分子式 | `"H2O"` | +| `smiles` | string | 是 | SMILES 表示 | `"O"` | +| `stock_in_quantity` | number | 是 | 入库数量 | `10` | +| `unit` | string | 是 | 单位（字符串，见下表） | `"mL"` | +| `supplier` | string | 否 | 供应商名称 | `"国药集团"` | +| `production_date` | string | 否 | 生产日期（ISO 8601） | `"2025-11-18T00:00:00Z"` | +| `expiry_date` | string | 否 | 过期日期（ISO 8601） | `"2026-11-18T00:00:00Z"` | + +### unit 单位值 + +| 值 | 单位 | +|------|------| +| `"mL"` | 毫升 | +| `"L"` | 升 | +| `"g"` | 克 | +| `"kg"` | 千克 | +| `"瓶"` | 瓶 | + +> 根据试剂状态选择：液体用 `"mL"` / `"L"`，固体用 `"g"` / `"kg"`。 + +--- + +## 批量录入策略 + +### 方式一：用户提供 JSON 数组 + +用户一次性给出多条试剂数据： + +```json +[ + {"cas": "7732-18-3", "name": "水", "molecular_formula": "H2O", "smiles": "O", "stock_in_quantity": 10, "unit": "mL"}, + {"cas": "64-17-5", "name": "乙醇", "molecular_formula": "C2H6O", "smiles": "CCO", "stock_in_quantity": 5, "unit": "L"} +] +``` + +Agent 自动为每条补充 `lab_uuid`、`production_date`、`expiry_date` 等字段后逐条提交。 + +Agent 循环调用 API #2 逐条录入，每条记录一次 API 调用。 + +### 方式二：用户逐个描述 + +用户口头描述试剂（如「帮我录入 500mL 的无水乙醇，Sigma 的」），agent 自行补全字段： + +1. 根据名称查找 CAS 号、分子式、SMILES（参考下方速查表或自行推断） +2. 构建完整的请求体 +3. 向用户确认后提交 + +### 方式三：从 CSV/表格批量导入 + +用户提供 CSV 或表格文件路径，agent 读取并解析： + +```bash +# 期望的 CSV 格式（首行为表头） +cas,name,molecular_formula,smiles,stock_in_quantity,unit,supplier,production_date,expiry_date +7732-18-3,水,H2O,O,10,mL,农夫山泉,2025-11-18T00:00:00Z,2026-11-18T00:00:00Z +``` + +### 执行与汇报 + +每次 API 调用后： +1. 检查返回 `code`（0 = 成功） +2. 记录成功/失败数量 +3. 全部完成后汇总：「共录入 N 条试剂，成功 X 条，失败 Y 条」 +4. 如有失败，列出失败的试剂名称和错误信息 + +--- + +## 常见试剂速查表 + +| 名称 | CAS | 分子式 | SMILES | +|------|-----|--------|--------| +| 水 | 7732-18-3 | H2O | O | +| 乙醇 | 64-17-5 | C2H6O | CCO | +| 甲醇 | 67-56-1 | CH4O | CO | +| 丙酮 | 67-64-1 | C3H6O | CC(C)=O | +| 二甲基亚砜(DMSO) | 67-68-5 | C2H6OS | CS(C)=O | +| 乙酸乙酯 | 141-78-6 | C4H8O2 | CCOC(C)=O | +| 二氯甲烷 | 75-09-2 | CH2Cl2 | ClCCl | +| 四氢呋喃(THF) | 109-99-9 | C4H8O | C1CCOC1 | +| N,N-二甲基甲酰胺(DMF) | 68-12-2 | C3H7NO | CN(C)C=O | +| 氯仿 | 67-66-3 | CHCl3 | ClC(Cl)Cl | +| 乙腈 | 75-05-8 | C2H3N | CC#N | +| 甲苯 | 108-88-3 | C7H8 | Cc1ccccc1 | +| 正己烷 | 110-54-3 | C6H14 | CCCCCC | +| 异丙醇 | 67-63-0 | C3H8O | CC(C)O | +| 盐酸 | 7647-01-0 | HCl | Cl | +| 硫酸 | 7664-93-9 | H2SO4 | OS(O)(=O)=O | +| 氢氧化钠 | 1310-73-2 | NaOH | [Na]O | +| 碳酸钠 | 497-19-8 | Na2CO3 | [Na]OC([O-])=O.[Na+] | +| 氯化钠 | 7647-14-5 | NaCl | [Na]Cl | +| 乙二胺四乙酸(EDTA) | 60-00-4 | C10H16N2O8 | OC(=O)CN(CCN(CC(O)=O)CC(O)=O)CC(O)=O | + +> 此表仅供快速参考。对于不在表中的试剂，agent 应根据化学知识推断或提示用户补充。 + +--- + +## 完整工作流 Checklist + +``` +Task Progress: +- [ ] Step 1: 确认 ak/sk → 生成 AUTH token +- [ ] Step 2: 确认 --addr → 设置 BASE URL +- [ ] Step 3: GET /edge/lab/info → 获取 lab_uuid +- [ ] Step 4: 收集试剂信息（用户提供列表/逐个描述/CSV文件） +- [ ] Step 5: 补全缺失字段（CAS、分子式、SMILES 等） +- [ ] Step 6: 向用户确认待录入的试剂列表 +- [ ] Step 7: 循环调用 POST /lab/reagent 逐条录入（每条需含 lab_uuid） +- [ ] Step 8: 汇总结果（成功/失败数量及详情） +``` + +--- + +## 完整示例 + +用户说：「帮我录入 3 种试剂：500mL 无水乙醇、1kg 氯化钠、2L 去离子水」 + +Agent 构建的请求序列： + +```json +// 第 1 条 +{"lab_uuid": "8511c672-...", "cas": "64-17-5", "name": "无水乙醇", "molecular_formula": "C2H6O", "smiles": "CCO", "stock_in_quantity": 500, "unit": "mL", "supplier": "国药集团", "production_date": "2025-01-01T00:00:00Z", "expiry_date": "2026-01-01T00:00:00Z"} + +// 第 2 条 +{"lab_uuid": "8511c672-...", "cas": "7647-14-5", "name": "氯化钠", "molecular_formula": "NaCl", "smiles": "[Na]Cl", "stock_in_quantity": 1, "unit": "kg", "supplier": "", "production_date": "2025-01-01T00:00:00Z", "expiry_date": "2026-01-01T00:00:00Z"} + +// 第 3 条 +{"lab_uuid": "8511c672-...", "cas": "7732-18-3", "name": "去离子水", "molecular_formula": "H2O", "smiles": "O", "stock_in_quantity": 2, "unit": "L", "supplier": "", "production_date": "2025-01-01T00:00:00Z", "expiry_date": "2026-01-01T00:00:00Z"} +```